Perancangan dan Pengklonaan Gen Iron-Dependent Repressor and Activator Mycobacterium tuberculosis pada Vektor pMV261

Abstract

Mycobacterium tuberculosis, which causes tuberculosis, is the leading cause of death among infectious diseases worldwide. The problem with tuberculosis is the unique self-defense mechanism of M. tuberculosis so that it remains dormant and lives inside phagocytic cells. The aim of this research was to design and clone the Iron-dependent Repressor and Activator (ideR) gene into the pMV261 plasmid vector, which will be used for further research to see the phenotypic and functional characterization of the ideR gene. The research method was carried out in several stages, namely: designing the construction of the ideR gene fragment in the pMV261 plasmid vector in silico, amplifying the ideR gene fragment from the M. tuberculosis genome, constructing the ideR gene fragment into the pMV261 plasmid vector in vitro, cloning the recombinant plasmid pMV261-ideR in competent E. coli cells, and validating the recombinant plasmid pMV261-ideR using PCR or genomic sequencing methods. The research results demonstrated that the ideR gene fragment was successfully cloned into the pMV261 plasmid vector both in silico and in vitro, as demonstrated by 1% agarose gel electrophoresis analysis. This study concluded that the recombinant plasmid pMV261-ideR was successfully cloned.

Keywords: Mycobacterium; overexpression; M. tuberculosis; IdeR; pMV261

ABSTRAK

Mycobacterium tuberculosis yang menyebabkan tuberkulosis adalah penyebab utama kematian di antara penyakit menular di seluruh dunia. Permasalahan pada tuberkulosis adalah mekanisme pertahanan diri M. tuberculosis yang unik sehingga tetap dorman dan hidup di dalam sel-sel fagosit. Tujuan riset ini yaitu merancang dan mengklona gen Iron-dependent Repressor and Activator (ideR) ke dalam vektor plasmid pMV261, yang akan digunakan untuk riset tahap selanjutnya untuk melihat gambaran karakterisasi fenotip dan fungsional gen ideR. Metode riset dilakukan dengan beberapa tahapan yaitu: merancang konstruksi fragmen gen ideR pada vektor plasmid pMV261 secara in silico, mengamplifikasi fragmen gen ideR dari genom M. tuberculosis, mengonstruksi fragmen gen ideR ke dalam vektor plasmid pMV261 secara in vitro, mengklona plasmid rekombinan pMV261-ideR pada sel kompeten E. coli, dan memvalidasi plasmid rekombinan pMV261-ideR dengan menggunakan metode PCR atau sekuensing genomik. Hasil riset yang dicapai menunjukkan bahwa fragmen gen ideR berhasil diklona ke dalam vektor plasmid pMV261 secara in silico dan in vitro, yang ditunjukkan dengan hasil analisis elektroforesis jel agarosa 1%. Pada riset ini dapat disimpulkan bahwa plasmid rekombinan pMV261-ideR telah berhasil diklona.

Kata kunci: Mycobacterium; overekspresi; M.tuberculosis; IdeR; pMV261